Nel 1198, con Innocenzo III, Rieti passò sotto il controllo dello stato della Chiesa, al quale rimase fedele schierandosi nei decenni successivi contro Federico II.

Nel Duecento la città crebbe tumultuosamente.

Rifatte le mura per comprendere anche i nuovi borghi, elevata la torre campanaria, costruiti il palazzo episcopale, le tre chiese degli ordini mendicanti ed altri edifici pubblici, riavviata la bonifica della piana reatina nuovamente impaludata, le arti riuscirono ad imporre il loro predominio nel governo della città, ma il disegno di espansione nel contado fallì nei suoi tratti principali, generando per reazione la fondazione, nel 1309, di Cittaducale nelle terre regnicole.

Qui, mentre il Cicolano fu profondamente segnato dalla presenza della potente famiglia comitale dei Mareri, le alte valli del Velino, del Corno e del Tronto, videro l'affermarsi di importanti comuni come Leonessa, Antrodoco, Amatrice, Accumoli e Cittareale, fondata nel 1329 da re Roberto d'Angiò come corollario di una lunga politica di riassetto territoriale del confine settentrionale.

Ancor più frammentata la situazione in Sabina dove, oltre all'impoverita Farfa, si affacciarono sulla scena alcune potenti famiglie baronali romane, gli Orsini, i Sant'Eustachio, poi i Savelli, per ritagliarsi e conquistare importanti egemonie territoriali.

Intorno a Rieti, legata ai Colonna in posizione anti-Orsini, invece, resistettero le famiglie germogliate dal frantumarsi dei lignaggi della nobiltà rurale locale, come i de Romania ed i Brancaleoni, loro consanguinei, o, alle pendici dei monti Reatini, i Labro, pur costretti all'inurbamento.

La crisi trecentesca ridisegnò ancora una volta il quadro politico.

Rieti fu squassata da furiose e sanguinose lotte tra guelfi e ghibellini, in parte pacate dall'intervento restauratore albornoziano.

Gli Alfani non riuscirono ad imporre la loro egemonia sulla città se non sullo scorcio del secolo ed agli inizi del Quattrocento con Rainaldo, la figura preminente della famiglia, che giunse ad essere nominato vicario apostolico, prima della inarrestabile rovina.

Abbozzi politici appena disegnati, ma subito spezzati dal furioso contendere tra opposti schieramenti mercantili alla ricerca di egemonie, non soltanto economiche, sulla città e della emarginazione dalla vita politica della nobiltà.

In Sabina altrettanto grave fu la crisi, con Farfa spogliata di molti suoi castelli, e la ribellione antipontificia di Tarano, Torri, Casperia, Collevecchio, Stimigliano, S. Polo e Selci schieratisi con Cola di Rienzo.

La vocazione prettamente agricola della Sabina tiberina e l'assenza quasi totale di iniziative nei settori commerciali ed artigianali, eccetto un maggior dinamismo dell'area di Magliano, legato strettamente al comune romano, che non a caso divenne città sullo scorcio del Quattrocento, finirono per avere un ruolo determinante nel modellare i rapporti con Roma, per sua parte già da tempo intenta a vivre sur le district, convogliando in città la produzione agricola delle terre baronali e favorendo l'afflusso dei prodotti necessari pro grassia Urbis esentandoli da ogni gravame fiscale, in linea peraltro con l'evoluzione verso un modello di stato centralizzato ed assoluto, anche se in modo alquanto contraddittorio, impressa dalla seconda metà del Quattrocento ai domini temporali pontifici.

Più articolato invece il ventaglio dei rapporti commerciali reatini, meno condizionati dal mercato romano e basati principalmente sulla esportazione di guado, di cuoi, di pellami e di pannilana su vari mercati dell'Italia centrale.